- Stage:121 - Master 2 Recherche Biosciences Végétales

Stage:121

From Master 2 Recherche Biosciences Végétales

Jump to: navigation, search

There is currently no text in this page. You can search for this page title in other pages, search the related logs, or edit this page.

Analyse fonctionnelle d'effecteurs du parasite racinaire de légumineuses Aphanomyces euteiches


Laboratoire d'accueil : LRSV UMR5546
Equipe d'accueil : Immunité Végétale et Effecteurs (Direction: Bernard DUMAS)
Encadrant(e)(s) : Elodie GAULIN / gaulin at lrsv.ups-tlse.fr / Tél:05 34 32 38 03

L'objectif de ce projet de M2R, qui se poursuivra sur un projet de thèse, est d'étudier la fonction d'effecteurs de l’oomycète Aphanomyces euteiches, au cours de son interaction avec la légumineuse modèle Medicago truncatula.

Les plantes sont capables de percevoir des épitopes caractéristiques des microorganismes afin d’activer des cascades de signalisation conduisant à la mise en place de réponses immunitaires. Généralement ces réponses sont suffisantes pour protéger efficacement le végétal contre la plupart des agents microbiens. Le succès d’une l'infection dépendra donc, en partie, de la capacité de l'agent pathogène à contourner ou à supprimer les réponses immunitaires. Les bactéries phytopathogènes sont connues pour injecter au sein de la cellule végétale des protéines nommées effecteurs qui vont moduler les réponses de défense. Chez les oomycètes, organismes filamenteux eucaryotes responsables de maladies importantes chez les plantes cultivées (mildiou de la pomme de terre, pourritures racinaires...) des effecteurs ont été également caractérisés. Certains sont transloqués dans le cytosol de la cellule hôte (famille RxLR, Crinklers) via un mécanisme à définir, alors que d'autres restent localisés dans l'apoplasme.
L'équipe Immunité Végétale et Effecteurs du LRSV a générée le premier génome complet d'une espèce d'Apahnomyces euteiches, parasite de la légumineuse modèle Medicago truncatula. L'analyse in silico des données a permis d'identifier de nouveaux effecteurs candidats. Par ailleurs l'équipe s'est récemment engagée dans un programme de génomique plus large visant au séquençage complet de différentes espèces d'Aphanomyces présentant des spectres d'hôtes distinct (phytopathogène, zoopathogène, non pathogène) afin d'identifier par des approches de génomique comparative de nouveaux effecteurs.

Le projet de M2R sera focalisé sur ces effecteurs putatifs. Il visera à définir si ces gènes candidats sont des effecteurs en répondant aux questions suivantes:
- ces effecteurs sont ils exprimés au cours de l'interaction (PCR, QRTPCR)? ou sont ils localisés (agroinfiltation, microscopie, western-blot...)? ont-ils un impact sur le devenir de l'interaction ? (activité suppresseur de défense?..)


Techniques principales :
Biologie Moléculaire (clonages, PCR, Q-RT-PCR..)
Transformation racinaires, agroinfiltration
Microbiologie (culture souches Aphanomyces…)
Microscopie (confocale, électronique..)
Biochimie (SDS-Page, Western-blot)
Analyses in silico


Principales publications relative au sujet :

Larroque M, Barriot R, Bottin A, Barre A, Rouge P, Dumas B, Gaulin E (2012) The unique architecture and function of cellulose-interacting proteins in oomycetes revealed by genomic and structural analyses. BMC Genomics 13

Schornack S, van Damme M, Bozkurt TO, Cano LM, Smoker M, Thines M, Gaulin E, Kamoun S, Huitema E (2010) Ancient class of translocated oomycete effectors targets the host nucleus. Proc Natl Acad Sci USA 107 : 17421-17426

Dumas, B., Bottin, A., Gaulin, E., Esquerré-Tugayé, M.T. (2008) Cellulose Binding Domains: cellulose associated-defensive sensing partners? Trends Plant Sci. 13,160-164.
Gaulin, E., Madoui, M.A., Bottin, A., Jacquet, C., Mathé, C., Couloux, A., Wincker, P., and Dumas, B. (2008) Transcriptome of Aphanomyces euteiches: new oomycete putative pathogenicity factors and metabolic pathways. PLoS One 3, e1723.
Gaulin, E., Jacquet, C., Bottin, A., and Dumas, B. (2007) Root rot disease of legumes caused by Aphanomyces euteiches. Mol. Plant Pathol., 8, 539-548.

Gaulin, E., Dramé, N., Lafitte, C. Torto-Alalibo, T., Martinez, Y., Ameline-Torregrosa, C., Khatib, M., Mazarguil, H., et al. (2006) Cellulose-Binding Domains of a Phytophthora cell wall protein are novel pathogen-associated molecular patterns. Plant Cell 18 : 1766-1777.