There is currently no text in this page. You can search for this page title in other pages, search the related logs, or edit this page.
Stage:136
From Master 2 Recherche Biosciences Végétales
Laboratoire d'accueil : LIPM http://www6.toulouse.inra.fr/lipm
Equipe d'accueil : Fonctions symbiotiques, génome et évolution des rhizobia
Encadrant(e)(s) : Jacques Batut jacques.batut@toulouse.inra.fr Anne-Marie Garnerone garneron@toulouse.inra.fr
Nos travaux récents ont mis en évidence un mécanisme original d’autorégulation de l’infection (AOI) impliquant un dialogue moléculaire entre la plante Medicago et sa bactérie symbiotique Sinorhizobium meliloti (Tian et al 2012). Nous avons proposé que la bactérie endosymbiotique module négativement la sensibilité de la racine à l’infection lorsqu’un nombre suffisant de nodosités infectées est atteint. Cette autorégulation est abolie dans des mutants bactériens, notamment clr et smc02178, affectés dans une cascade de transduction de signal impliquant l’AMPc. Nous cherchons à préciser le mécanisme par lequel le rhizobium module la sensibilité racinaire à sa propre infection et, en particulier, à évaluer le rôle d’exopolysaccharides de faible PM, de type succinoglycane, dans ce processus. Nous avons en effet montré que l’activation de la cascade AMPc bactérienne s’accompagne de la production de succinoglycane, molécule par ailleurs essentielle à l’infection primaire des racines chez Medicago (Gibson et al. 2008). Il est donc possible que le succinoglycane, ou une molécule proche, soit responsable du contrôle négatif de l’infection secondaire.
Les travaux de génétique du M2R précédent ont suggéré que l’activateur transcriptionnel Clr pourrait réguler directement l’expression des gènes exo, responsables de la synthèse de succinoglycane, alors que le gène smc02178 régulerait la production d’EPS indirectement.
Une analyse in silico a permis de détecter des sites de liaison potentiels de la protéine clr en amont de certains gènes exo. L’objectif du stage sera de tester la fonctionnalité de ces sites par la technique Chip-PCR. En bref après une étape de cross-linking in vivo dans des conditions où la protéine clr est supposée lier ses sites, les complexes clr-ADN sont immuno-précipités et les sites de liaison (candidats) identifiés par PCR.