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Stage:19
From Master 2 Recherche Biosciences Végétales
Laboratoire d'accueil : Génome et Développement des Plantes UMR 5096 UPVD- CNRS-IRD
Equipe d'accueil : Biogenèse des ribosomes et petits RNAs
Encadrant(e)(s) : Manuel Echeverria / e-mail : manuel.echeverria@univ-perp.fr / tel : 04 68 66 21 19
Résumé du projet
La methylation des ARNs, dirigée par des petits ARNs nucléolaires est une modification post-transcriptionnelle majeure chez tous les eucaryotes. Or, contrairement à la méthylation de l’ADN, ont connait mal son rôle et son impact dans le développement. Notre groupe s’intéresse à l’étude des snoRNAs qui dirigent la methylation des ARNs ribosomiques (ARNrs) chez Arabidopsis thaliana. Dans ce cadre, nous avons récemment identifié un gène AtNUFIP qui contrôle la biogenèse des snoRNAs. Nous avons montré que dans les mutants d’insertion dans le gène AtNUFIP il y a une réduction des snoRNAs et ceci est corrélé avec une diminution de la méthylation des ARNr. Remarquablement les mutants d’insertion AtNUFIP sont viables mais ils sont sévèrement affectés au niveau du développent des feuilles, de la fleur et de la formation des graines (J. Rodor, thèse en cours de finition).
AtNUFIP représente le premier exemple chez les plantes, mais aussi chez les eucaryotes, qui permet de relier la méthylation des ARNs à un effet sur le développement. Notre but est maintenant de comprendre au niveau moléculaire comment AtNUFIP contrôle la biogenèse des snoRNAs mais aussi le développement. Pour répondre à ces questions nous cherchons maintenant à identifier les différentes protéines partenaires associées à AtNUFIP in vivo. Pour cela, nous avons déjà produit des lignées d’Arabidopsis qui surexpriment la protéine AtNUFIP-FLAG-HA, « taggées » avec deux épitopes Flag et HA.
L’objectif du stage de Master sera de :
1) Isoler par immunoprécipitation les complexes AtNUFIP-FLAG-HA extraits des plantes transgéniques,
2) Réaliser une analyse protéomique pour identifier les différentes protéines partenaires d’AtNUFIP (en collaboration avec A. van Dorssalear, de U. Strasbourg),
3) Se focaliser sur un des partenaires pour confirmer cette interaction in vivo par co-expression transitoire dans des cellules de tabac des protéines de fusion fluorescentes AtNUFIP-GFP et la protéine candidate fusionnée à la RFP.